La disortografía puede deberse a diferentes causas: perceptivas, intelectuales, lingüísticas, afectivo-emocionales y pedagógicas. Las dificultades perceptivas pueden tener lugar en la memoria visual (cuando el niño no es capaz de discriminar los grafemas correspondientes a los fonemas) y auditiva (si no retiene el dato sonoro escuchado previamente para transmitirlo); además, a nivel perceptivo, pueden existir deficiencias a nivel espacio-temporal que dificulten la correcta orientación de las letras, la discriminación de grafemas con rasgos similares en cuanto a su orientación espacial (b/d) y el adecuado seguimiento de la secuenciación y ritmo de la cadena hablada (cadencia rítmico-temporal).

Causas de tipo perceptivo. Deficiencias en percepción, memoria visual y auditiva (ocasionan problemas a la hora de discriminar los sonidos de los fonemas, de retener el dato sonoro escuchado previamente para transcribirlo o en el recuerdo de algunas peculiaridades ortográficas) y deficiencias a nivel espacio – temporal (este tipo de percepción resulta importante para la correcta orientación espacial de las letras, la discriminación de los grafemas con rasgos similares y para el adecuado seguimiento de la secuenciación y ritmo de la cadena hablada).

Causas de tipo intelectual. Debido a déficit o inmadurez intelectual, dificultan la adquisición de la ortografía básica, ya que para lograr una transcripción correcta son necesarias operaciones de carácter lógico-intelectual que faciliten el acceso al aprendizaje del código de correspondencia fonema-grafema y el conocimiento y distinción de los elementos lingüísticos (sílaba, palabra, frase) que permitirán dar sentido al enunciado escuchado y aislar los componentes de la frase.

Causas de tipo lingüístico y sociocultural. Principalmente dificultades en la articulación  de fonemas y el deficiente conocimiento y uso del vocabulario.

Causas de tipo afectivo-emocional. Se relacionan con bajos niveles de motivación, que llevan al niño a prestar menos atención y, por tanto,
a acometer más errores. 

Causas de tipo pedagógico. El propio método de enseñanza resulta inadecuado por utilizar técnicas perjudiciales o por no ajustarse a las necesidades diferenciales e individuales del niño, no respectando el propio ritmo de aprendizaje del niño.